穿好了衣服的小光，跟随着小丑皇和启人一起进入到了通向数码世界的大门，既然人类世界不安全，那么也只剩下数码世界了，略过进入的过程不提，两人一兽穿越了现实与虚拟的夹缝之后，所进入的地点便是曾经留姬与博和健太他们呆过的刮着狂风的峡谷，这里倒是跟动画中的没什么差别，依旧是一副荒凉的景象。
进入了其中的一间房子之后，启人立即将暴龙机中的基尔兽解放了出来，兴奋的基尔兽只顾着四处乱跑乱闹，看得出来是已经憋了很久了，任由基尔兽到处乱跑，启人倒也不阻止，拉着小光坐在了沙发上，开始将这个世界的故事告诉他。
准确来说，在数码死神这个真正的敌人出现以前，一切都还跟小光所知道的那个数码宝贝3的世界别无二致，而出现差别的地方就是从数码死神出现开始……
数码死神，不同于动画中那个需要靠着学习与思考来成长进化的人工智能，似乎从一开始就具备了超出人类常识的智慧，而且更加的心狠手辣，对于人类似乎还存在着深沉无比的怨恨。xuqi.org 海豹小说网
当它第一次出现之时，整个数码世界和人类世界似乎都感受到一阵似有似无的波动，紧接着，古乐兽，这个进化概念的抽象实体，进化之神便成为了第一个牺牲品，数码死神毫不留情的将其吞噬并吸收，彻底断绝了所有数码兽们进化的可能，四圣兽们看到这个画面的瞬间就好像失去了灵魂一般，不停的重复着预言还是实现了之类的话，再无任何战斗意志。
杀死了古乐兽的数码死神并没有继续攻击数码世界，而是直直的冲击向了天空中的绿色球体，也就是现实世界，这样一来启人他们可是被吓的不轻，为了守护自己的家园不顾一切的以最快速度回到了人类世界，可还是晚了一步，数码死神已经攻击并摧毁了人类的研究设施，并且杀死了所有的研究人员，包括山木，涩果子还有建良的爸爸在内，无一幸免。这还不算结束，事情还在朝着更坏的方向发展，孩子们发现他们的数码宝贝在现实世界居然无法实体化了，数码死神仿佛拥有了一种奇怪的能力，影响让数码兽们的数据量子化的蛋白质类似物，让其在数码死神附近的区域变的极其稀少，除了数据足够庞大的究极体以外，即使是基尔兽他们也同样不能实体化。趁着孩子们无法战斗的空当，数码死神从体内孕育出了无数机器人一样的生命体，对着孩子们大肆攻击，就如同其名字一样，reaper，残忍可怕，除了启人之外，包括建良留姬在内的孩子们无一幸免，同样是全部被杀……
“怎么会……这样……”此刻的小光已经不知道该说什么好了，只能挤出这五个字，这个世界……真的是他喜欢的数码宝贝世界么，这也太……绝望了……
“老实说，本来我也会死……”启人表情黯淡，“不过，在被杀死前的瞬间，好像有一阵似有似无的波动传来，紧接着我就进化成了红莲骑士兽……后来发现基尔兽在现实世界里好像也能在我的暴龙机里存在，我也可以进化成红莲骑士兽了，也不知道为什么……不过我也没心思去想了，因为更可怕的事情还在后面……”
“还有更可怕的事情……？”小光感觉很压抑，很难受，但还是选择继续听下去。
数码死神，占领了整个日本……却并没有再杀人，直到有一天在日本所有的电视电脑网络上，同时播放着一段画面……U国，C国，R国，B国，F国……这五个核大国的核武库突然全部失控，超过3万枚核弹头同时发射而出，打击目标是……除了日本的全地球……只要是有人的角落……
绝望……恐惧……没有被攻击的只有数码死神占领的日本，这里的人们只剩下这种感觉……可他们并没有因此幸免，在打击过后的一天一夜中，数码死神血洗了整个日本……除了可以进化为红莲骑士兽的启人以外，全灭……
“所以……所以……小光……我……我一直以为自己是……最后的……人类了……”启人已经哭的说不出完整的句子了“能……能遇见你……真是……真是太好了……”
“我在这，我陪着你，你不是孤独的……”抱住哭的撕心裂肺的启人，小光也不知道该说什么安慰启人好了，此刻的他心里就像是压了一块大石头一般，眼泪不知不觉的流了下来，人类……就这么灭亡了……么……太残忍了……
“唉……接下来的就由我来说吧，关于数码死神的命运，还有如今数码世界的情况”一直沉默在旁的小丑皇说到。
“在毁灭了人类世界之后，数码死神就好像个气球一样，不停的膨胀变大，然后就爆炸了，变成了你在天空中看到的那些红色的东西”
“死神也……死了？”小光的脸上写满了惊讶。
“可以这么说……这也是后来我们才知道的，因为数码死神……只是个傀儡”
数码死神，只是个傀儡。所以，当它的任务完成之后，就被其幕后的主人给赐死了吧。这也是它没有进攻数码世界的原因，因为它的主人不允许。
人类世界毁灭之后不久，数码世界也同样发生了剧变。一个3米高左右的机器人样生物携带着巨大的力量横空出世，他宣称数码死神只不过是他的工具而已，用来毁灭人类的工具，人类，只不过是落后卑微的种族，合该灭亡，但数码宝贝则不同，拥有强大的力量，还会无限进化，即使死了也能回到创始村重生，这样的生命才是他所追求的完美生命，因此他要给数码世界带来秩序与和平。
“如果一定要说的话……神，这恐怕是最适合他的形容词了，可不是四圣兽那样的伪神，真正的神……挪动高山，命令日月，仿佛是无所不能，他曾这样形容自己……”
“资料，数据……这一切就是整个现实，而我就是资料的主人，我就是现实的主人！我爱着这个世界，也爱着你们，我想，就能创造你们，我想，也能毁灭你们”
“听起来还真是个嚣张的家伙啊”小光皱了皱眉“然后呢，你们反抗了么”
“很遗憾，没有什么数码兽能对抗他，一直隐藏着的皇家骑士团首先遭到毒手，据说是他们拒绝了成为神的护卫队”
“仅仅是被轻轻触碰了一下，皇家骑士团那些实力超群的家伙们，除了始终没有露面的阿尔法兽和小启进化而成得红莲骑士兽之外，就纷纷化成了数据与资料，然后被整合重塑，化为五只奥米加兽，被称为奥米茄军团”
“五……五只？”开什么玩笑！那样的家伙居然有五只？！
“没错，袭击你的是奥米茄4号，专门负责监视现实世界的奥米加兽，还有其他区域的奥米加兽”
“其他区域？什么意思”歪着脑袋看向小丑皇。
“我刚说过了吧……那家伙能搬动高山命令日月，这并不是开玩笑……他真的这么做了……整个数码世界，被它重塑并分为了五个部分，人型数码兽的区域〖高阶天堂〗，由究极天使兽与神圣天女兽掌管，兽型数码兽的区域〖无限森林〗，由基路比兽掌管，未确认区域〖黑暗之海〗，由父神达高兽以及母神海德拉兽掌管，恶魔型数码兽的区域〖烈焰地狱〗，由贝利亚吸血魔兽掌管……其实本来是由我掌管，但我不想臣服于他，最后，机械型数码兽的区域〖钢铁帝国〗，由他本人来掌管。”
“我们曾经也聚集起来对抗过他，结局……虽然我们这边有数目不少的究极体，但仍然如纸一般脆弱……只要被触碰到，数据就会极度不稳定，随即被毁灭，这还是究极体，如果是那些完全体成熟期，他挥挥手就是致命的打击……要不是小启……”小丑皇看了一眼仍在小光怀里小声呜咽的启人“我也会死……死的像个垃圾一样毫无价值”
“他……把如今的数码世界，称为……”
“奥创纪元”