英队安全撤退后，华盛顿开始推算他们的去向。他分析英队可能会去纽约，于是便快速地做出了对应的安排。但是这次华盛顿估算错了，威廉·豪将军带领下属去了哈利法克斯，目标是和从大不列颠本土赶来进行支援的舰艇汇合。同时，大不列颠政府新任命的北美海军总司令官理查德·豪勋爵也将到来。
豪将军兄弟两人尽管性情不太一样，但是联手作战之时，仍旧十分默契，也就是说，北美大陆将变成他们联合调兵遣将的战场。和威廉·豪将军不同，理查德·豪勋爵十分喜欢商业和冒险活动，他对北美洲大陆做过细致的研究，这一点可以让他有效地发挥舰艇的威力。英皇乔治二世就曾经这样评价他：“此人一生都在不停地为国家效力，尽管已经年过半百，但身体却依然十分强壮。作为一名海军指挥官，他做事果断、极富魅力，无论何时都能保持头脑冷静。作为海军士兵，大家都愿意在理查德·豪勋爵麾下效力。”
理查德·豪勋爵后来的行为验证了以上的看法。面对这样有力的对手，假如是以前的美队，一定会被击垮，但自从华盛顿接任总司令官以来，美队也产生了很多变化。波士顿战役胜利后，大陆会议认为敌军的目的是中南美洲，因此就把那里的殖民州化分为两部分：一部分是弗吉尼亚、南卡罗莱纳和佐治亚洲，由一名少将、四名准将负责；另一部分是纽约、宾夕法尼亚、新泽西、马里兰和特拉华州，由一名少将、两名准将负责。同时，李将军被任命为南方战区的指挥官，主要负责监视亨利·克林顿爵士的一切动向。
李将军被任命为南方战区总司令官后，加拿大远征部队总司令官一职就分派给了乔治·亨利·托马斯将军，这一职位本来是想留给菲利普·约翰·斯凯勒将军的，但考虑到他的健康问题，大陆会议最终仍改变了初衷。尽管这样，大陆会议对菲利普·约翰·斯凯勒将军也还是怀有很大的希望，他被派往奥尔巴尼，保证美队后勤补给资源线的安全。假如补给资源线被截断，远征部队势必会整个部队覆没。在这一关键岗位上，菲利普·约翰·斯凯勒将军还要照顾到纽约州加强防御工事的建设。
李将军是一位生性豪放的人，尽管有时候喜怒无常，打仗之时却是勇猛无比、刚毅果断。3月7日，他志得意满地前去南方履任了。华盛顿对李将军的认识十分深刻，他充分认可了李将军的理论知识和各方面的实践经验。李将军对事业的热情、执著，并不是每个人都可以做到的。
同时，华盛顿开始大规模招兵买马，并于4月13日抵达纽约。李将军在任时建设的工事大部分已经完成，剩下的也正在抓紧时间进行。华盛顿猜测敌军进攻的方向会是长岛，因此他特意派勇敢善战的格林带一支队伍驻到了那里。美队在纽约的兵力总计虽然有10000人，但其中包括很多老弱病残和一部分正在放假的战士，实际上可以投入战斗的战士不超过8000人。
纽约兵力不足，总是让华盛顿感觉到非常忧虑。在纽约有很多人不愿意和美队合作，部分人甚至明目张胆地投到了敌军那一边，特赖恩总督就总是住在英队的炮舰上，而且时刻和纽约的亲英分子维系着联络。在华盛顿的建议下，纽约州安全委员会指示取消他们这种联系，违者将受到严厉惩处。为了多争取到一些胜利的希望，大陆军指挥部里所有的人，从华盛顿到战士全部都在忙碌，他们放弃了所有娱乐活动，每天从早到晚不停地工作。尽管生活艰苦，但华盛顿夫人能留在身边为他们带来了很多安慰。她经常展示自己独有的女性魅力，为指挥部注入了一股新鲜血液。
华盛顿不只要忧心纽约州的安全，加拿大美队的处境也让他十分挂念。到了纽约后，他已经给加拿大的汤普森准将增派了四个步兵团、一个步兵连以及一支工兵队伍，后来他又指示沙利文准将率领六个步兵团前去支援。尽管这样，大陆会议还是不停地询问华盛顿，是否向加拿大继续增兵。从当时华盛顿写给大陆会议的回信里，我们可以看到他内心的茫然。在纽约州，华盛顿基本不清楚敌军会从哪个地方进攻，假如贸然抽调队伍去支援加拿大，敌军一定会乘虚而入。那时，就算是团团围住了魁北克，华盛顿也不敢保证威廉·豪将军会否率军支援。从现在掌握的情况来看，英队极可能会兵分两路，尽力保证魁北克的安全。魁北克的战略地位太重要了，作为英队的后方补给资源站，假如失守，英队的损失将会十分巨大。华盛顿征求了一些将军的意见，他们全部认为有必要加强纽约州的守备，至少要把守备队伍增加到一万。
直到此时，华盛顿还不清楚敌军就要发起一次进攻，卡塞尔领主、布伦瑞克公爵全部会前去给英队助战，并且，布伦威克的4300人以及13000名海地人已经全部加入了英队。华盛顿显然对正在出现的事情不甚明了，他只能以静制动。接下来的几日里，华盛顿连续接到几份关于敌军队伍行进的报告。直到5月17日，他才从菲利普·约翰·斯凯勒将军的信里清楚了敌军究竟想干什么。
班尼迪克特·阿诺德在魁北克城下受阻，在一场激烈的战斗中，他自己受了伤，差一点成了残废。但是美队并没有因此撤退，而是继续围困魁北克。由于在这场战役中的出色表现，班尼迪克特·阿诺德被提升为准将。整个冬季，魁北克守备队伍和美队对峙着，双方全在等候着援军的到来。班尼迪克特·阿诺德面对着很多困难，不只弹药快要用完，后方的补给资源也迟迟送不上来。为了补充军需品，班尼迪克特·阿诺德被迫使用了强硬手段，这引起了加拿大人的反对和不满。同时，很多战士的服役期满，已经有人要求回家。有一段时间，美队战士人数竟然不到700人。
加拿大人的决心开始动摇。更让人担心的是当地居民开始对美队不满，很多贵族阶级和领主已经宣布不再协助美队，假如态势继续发展下去，美队很快就要溃败。虽然如此，班尼迪克特·阿诺德的战斗意志依然没有下降。一旦有时间，他就会带领小股队伍前去骚扰敌军。4月1日，伍斯特将军带领支援部队从蒙特利尔赶到，而且接管了领导权。就在伍斯特到来的次日，班尼迪克特·阿诺德从马背上摔了下来再次受伤。乔治·亨利·托马斯将军在4月中旬抵达魁北克，当时美队的境况十分糟糕，人数尽管增加到了2000人，但其中有数百人没有战斗力。疾病、疲劳开始折磨美队战士，部分服役期满的战士也要求离去。冬天很快就要过去了，如果河水一旦解冻，英队的救援应当很快就到。假如是那样，美队的处境将会更加危险。看到河流的冰层已经开始融化，乔治·亨利·托马斯将军当即指示着手进攻。